拉米夫定，是最早应用于抗乙肝病毒药物，临床已有20几年历史了，不良反应较小，安全性好。但该药物容易产生耐药性，单药连续服药三四年耐药率接近50%。所以治疗后期拉米夫定应该与阿德福韦酯联合用药，以达到减少耐药性与增强疗效与安全性。此外可能会带来骨骼肌系统损害的不良反应。
替比夫定，于2007年在中国上市，不良反应与拉米夫定差不多。主要严重不良反应为肌肉骨骼肌损害，包括横纹肌溶解症、肌酸磷酸激酶升高、肌痛肌炎。此外替比夫定与干扰素α合用，会导致末梢神经病变，两者禁用。
阿德福韦酯2005年在我国上市，根据药品不良反应数据分析，长期服用阿德福韦酯可能引起肾损伤、低磷血症与软骨化。其作用机制为阿德福韦酯对近端肾小管有毒性作用，可导致肾小管上皮细胞凋亡，使其重吸收功能下降，磷排泄增加，磷酸盐的减少会导致骨细胞结构与功能异常，从而导致骨软化。
替诺福韦酯，又称富马酸替诺福韦二吡呋酯。于2014年在中国上市。目前耐药率最低，还可用于妊娠妇女。但同样与阿德福韦酯一样存在肾功能的损伤。该药上市不久，应该加大关注该药的不良反应的发生率。
替诺福韦艾拉酚胺，该药是吉利德公司为克服替诺福韦酯的肾功能损伤而改进的一种抗乙肝病毒药。属于替诺福韦磷酸化前药，在低于替诺福韦酯1/10剂量时，就能有非常高的抗病毒作用。当然刚上市不久，长期服用所带来的安全性有待研究。
恩替卡韦，长期服用疗效优于拉米夫定，肝肿瘤生长的风险也小，安全性好，5年的耐药率为1%。曾有报道在用恩替卡韦治疗停药后，出现严重的肝病加重。还有乳酸酸中毒，严重肝肿大与脂肪肝与死亡病例的严重不良反应报告。
干扰素α，与口服核苷酸类药物相比，干扰素α的不良反应比较多。可能会出现流感样症候群 ，一过性外周血小板减少，精神异常等不良反应。安全性比口服剂型差。
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