日本料理大致可分为三种：“本膳料理”、品茶前的“怀石料理”、用以宴请的“会席料理”。至于割烹、料亭等是作为料理餐厅出现。
日本的传统料理可分为：本膳料理（ほんぜんりょうり）、会席料理（かいせきりょうり）、怀石料理（かいせきりょうり）、精进料理（しょうじんりょうり）、普茶料理（ふちゃりょうり）、桌袱料理（しっぽくりょうり），他们的起源各不相同。
本膳料理可谓是日本料理的起源，是举行仪式用的高规格料理。源于镰仓时代（1185~1333）末期武士阶层开始追求奢华的生活。进入室町时代（1336~1573）后，本膳料理在烹饪上发展出了日本的特色，而仪式方面也有了一定的规律，以传统文化、习惯为基础的料理体系。现在只会在少数的正式场合，如红白喜事、成年仪式及祭典宴会上看到本膳料理形式的残影，而完整正规的本膳料理几乎是看不到的。在形式上，一般菜碟或者饭菜的数目为7、5、3这样的奇数。所以最基本的本膳料理形式就是三膳，“本膳”有7菜，“二の膳”有5菜，“三の膳”有3菜。除膳之外，还有献，献的作用是供大家喝酒，每一献也有相应的食物供应。最基本的仪式为“式三献”，这是吃本膳之前，按一定的顺序先喝三轮酒。酒过三巡之后开始吃正餐。所有的膳用完之后，再接着喝酒，则从四献算起，历史上有贵族举办的宴会有多达二十一献。
本膳料理器物的摆放形式，上菜顺序，出席服装等都有着严格的做法和顺序。
清汤、下酒菜和酒一起上桌。之后，再提供本膳、二膳、三膳。 从本膳开始，一口米饭一口菜交替着吃。一餐到最后以茶收尾。五膳也叫引物膳，因为是作为礼物的膳食，故而也称“台引”。与膳基本为烧烤食物，不能动筷子，作为礼物盛到盒子里带回家。红白喜事的“引出物”就是由此而来。
会席料理源于俳句诗人们举办诗会后享宴。以酒为中心的宴席料理，与茶会怀石料理相反，先上前菜、烩菜、生鱼片、烧烤等食物，最后上米饭和汤。诗会大多在日本式酒家举办，江戸中期以后，器物和料理都精致了，渐渐成为豪华料理。
怀石料理以茶道起源，诞生早于本膳料理。镰仓时代左右，日本人过着一天两顿饭的生活。特别是，寺院里严格修行的僧侣们，抱着一块加热的石头来抵抗饥饿。这块温石被称作“药石”，是怀石名字的由来。
怀石料理的特征是得全部吃完、每次刚做好马上上菜、传递季节感和祝福的信息。
怀石料理按照米饭、清汤、生鱼片、烩菜、烧烤、主菜、箸洗、下酒菜、汤桶、酱菜、点心的顺序上菜。
在安土桃山时代，茶道的创始人千利休确立茶道的时候，为了品味茶的美味而创立的规则。怀石料理的制作方法也根据茶道流派的不同有着不同的严格制作要求。
簡單來說日本料理也就是傳統和食，它的存在價值及核心思想便在於，選擇蔬菜、菌菇等食材為主，搭配海鮮、家禽等食材為輔，以葷素協調營養均衡為基礎，通過應季時令的選料原則和恰到好處的烹調技法，最高程度保留並體現各種食物本身具備的色彩、味道、口感。以及結合傳統習慣和當地風俗，靈活多變地隨時更換菜品內容，使菜肴散發文化底蘊和藝術氣息，詮釋出日本料理的獨特與豐富。
國內的日本料理論餐廳菜單，除去消費高昂的懷石會席料理，經營內容大多為壽司、天婦羅、拉麵、壽喜燒。
原本這些被世界所熟知的日餐，有機會發展成文化利益雙贏模式，但是由於經營觀念等諸多因素，這些餐廳提供的菜肴開始出現與“日本料理”這個稱呼漸行漸遠甚至有名無實。
其中主要原因在於餐廳經營者和管理者，他們對菜品的定義簡單說就是利益變現，把原本需要運用靈感結合構思的日本料理，逐漸甚至徹底變成速食式經營。
在這種只注重利潤的速食式經營的風格下，無論是餐廳還是廚師都陷入一種惡性循環，對餐廳來說，他們為顧客提供其貌不揚的菜品，並且處於無法開拓創新的局面，對廚師來說，他們為餐廳提供止步不前的勞力，並且置身無法自我提昇的境地。
廚師的職責在於認真工作，老闆的目的在於愉快數錢，偶爾推出的所為創新，也是沒有以和食底蘊作為基礎，用來嘩眾取寵的四不像之物。
日本料理的別致與獨特之處，正是出自它對季節的映射和藝術的融匯，而這些則通過廚師的理念去創作和落實。
例如，春天利用竹筍、蠶豆、紫蕨表達出萬物復蘇；
夏天利用茄子、蓮藕、冬瓜體現出沁涼心脾；
秋天利用芋頭、銀杏、栗子展示出五穀豐登；
冬天利用紅薯、黑豆、海帶呈現出吉祥如意。
與此同時，在乞巧節用矮竹裝點菜品；在中元節用蓮葉裝點菜品；在中秋節用蘆葦裝點菜品；在重陽節用菊花裝點菜品，這些頗具自然色彩的裝飾技法，既能夠傳遞對季節的描繪，又能夠表達對佳節的贊美。
遺憾的是，目前為止能夠真正將和食的理念及思維完好地帶入國內並實施的人士，屈指可數。而具備這些能力的餐飲從業者在日本很普遍，無論是消費奢華的料亭，或者是價格樸實的割烹，包括中上檔次的居酒屋對烹飪的概念亦都相同，就是料理不僅要做到賞心悅目秀色可餐，還要包含廚師的烹飪風格和藝術韻味。
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